浙江省工业锅炉炉窑烟气污染控制工程技术研究中心组织上设立主任1名，副主任2名，主任统一负责工程技术研究中心各项工作，副主任协助主任管理工程技术研究中心工作。工程技术研究中心团队按四个研究方向分成工业锅炉炉窑烟气脱硫及副产物回收研究小组、工业锅炉炉窑烟气脱硝及副产物回收研究小组、工业锅炉炉窑烟气脱汞及其他污染物治理研究小组和燃煤烟气除尘研究小组，各小组设立组长负责本小组的管理工作。同时承担单位将为工程技术研究中心聘请9名国内外知名专家组成工程技术研究中心的学术委员会，其中6名为外聘国内大气污染控制领域的知名专家，学术委员会负责审议工程技术研究中心的研究方向、重大学术活动和工程技术研究中心年度科研计划与总结。

中心运行管理上实行主任负责制，工程技术研究中心正、副主任和各小组组长组成管理委员会，进行中心的日常管理。

中心设办公室负责日常事务；设财务部负责中心的各项财务工作；设公共仪器中心负责中心大型仪器设备的购置与维护；设技术推广部负责科技成果的产业化和新技术的市场推广。